В ночь на 13 мая 2005 года группа экстремистов напала на военный городок и, захватив оружие, освободила из местной тюрьмы несколько тысяч заключённых. Формальным поводом к восстанию послужил судебный процесс над группой бизнесменов — членов «неформальной» исламской общины «Акрамия», которая и считается главным организатором выступлений.
Министерство иностранных дел России в лице его главы Сергея Лаврова признало, что к беспорядкам в Андижане приложили руку внешние силы, в частности, афганские талибы и исламисты из соседней Киргизии. Среди причин андижанских событий президент Узбекистана Ислам Каримов назвал недовольство населения политикой местный властей, игнорировавших нужды людей.
Днём 13 мая у здания городской администрации состоялся многотысячный стихийный митинг, участники которого требовали освободить из тюрем всех осуждённых по религиозным мотивам. По оценке президента страны Ислама Каримова,
Мятежники, вооружившиеся оружием из Киргизии, попытались свергнуть конституционный строй.
Мятеж был подавлен правительственными войсками в тот же день. По официальным данным погибло 187 человек, из которых 60 мирных жителей и 31 военнослужащий. Правозащитники называют другое число — 500 человек, среди которых как террористы, так и мирные жители.
За организацию беспорядков в Андижане было осуждено 180 человек. По мнению завотделом Средней Азии и Казахстана Института стран СНГ Андрея Грозина, действия Ислама Каримова позволили предотвратить в стране развитие «цветной революции». Он, в частности, пишет:
Узбекская светская оппозиция беспомощна. У неё нет никаких рычагов влияния, механизмов мобилизации масс, и она способна лишь «подхватить» спонтанные народные выступления. В результате узбекская «дессида» ищет и находит выход в иной сфере у исламистов.
С ним соглашается и Акмаль Саидов, директор Национального центра защиты прав человека Республики Узбекистан. Политолог же Ахмед Алияров ссылается на экспертов, видящих в андижанских событиях исключительно криминальный след.
Кровавое подавление андижанского мятежа вызвало резко негативную реакцию Запада по образцу его охлаждения отношений с Китаем после подавления антиправительственных выступлений на площади Тяньаньмынь в 1989 году. Узбекистанские власти обвиняли в чрезмерном применении силы и фактически в диктаторских методах подавления оппозиции. Однако уже через год-полтора отношения постепенно нормализовались. Напротив, для президента Казахстана Нурсултана Назарбаева оказалось вполне очевидно, что мятеж в Узбекистане — общая модель для всей Средней Азии, и потому он полагает действия Каримова в Андижане вполне оправданными:
Я знаю, что и в Андижане вы защищали спокойствие 26 миллионов узбекистанцев, не только узбекистанцев, но и казахстанцев, и киргизстанцев, и таджикистанцев, и всех тех, кто здесь живёт. Сегодня доподлинно известно через разведывательные службы, что подготовленные группы экстремистов вошли в Узбекистан с целью дестабилизировать не только вас, но и нас.
Оппозиционные издания указывают, что официальные власти и официальные СМИ Узбекистана замалчивают эту трагедию, доступ ко многим сайтам в Интернете, где публикуется информация о мятеже, закрыт.
